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    亮發(fā)光桿菌如何選擇低溫凍存保護(hù)劑

    點擊次數(shù):874次  更新時間:2017-08-07

    通過亮發(fā)光桿菌日益的新一代測序技術(shù),我們對這些差別甚大的微生物有了更多的認(rèn)識,比如說,對細(xì)菌核糖體小亞基 16S rRNA 編碼基因進(jìn)行高通量測序,科學(xué)家們能了解樣品中的微生物多樣性。此外還可以選擇鳥*宏基因組學(xué)作為互補(bǔ)技術(shù),分析樣品中所有生物的所有基因。這些DNA測序技術(shù)十分敏感,也能識別樣品污染和危害樣品處理引發(fā)的細(xì)微變化。
    由于處理和存儲樣品的變化會影響研究結(jié)果,因此要想維持在現(xiàn)場收集樣品的完整性也是微生物研究中的一項重大挑戰(zhàn)。即使是微生物菌群zui小的變化或者相對豐度改變,也會極大的干擾群體比對,因此儲存方法引起的變化越小越好。以下是The Scientist雜志推薦的一些樣品保存技巧。
    如果只是計劃分析核酸組成,那么選擇更多。就這種類型的研究而言,在儲存樣品前可以將其加入到一種裂解緩沖液中。雖然很少有研究比對不同的低溫凍存保護(hù)劑在維持原始樣品多樣性方面的作用,但是目前的證明表明,低溫凍存保護(hù)劑會在不同程度上影響不同微生物物種的構(gòu)成。
    關(guān)鍵在于選擇一種可靠,并且適合你的研究的方法,同時也要注意到其潛在的誤差。 總的說來,研究人員已經(jīng)發(fā)現(xiàn)加入一種低溫凍存保護(hù)有助于人體樣品的保存。Ganz指出,在比較儲存樣品和新鮮樣品中的微生物組成之前,可以采用一種快速的方法,來評估保護(hù)劑的作用,那就是檢測一下樣品DNA的量,如果DNA量不足,那么你采用的方法也許并不適用于這種微生物的保存。
    Heylen采用了一種混合溶劑:二甲基亞砜(DMSO)與海藻糖,胰酶大豆肉湯(Tryptic Soy Broth, TSB),這能用于保持三種不同微生物組系統(tǒng)冷凍樣品的保真性。海藻糖能防止細(xì)胞干燥,TSB也是一種低溫凍存保存劑,專家建議在將這一溶液加入到樣品中之前,先放置到4°C中,然后再與樣品混合,保存到超低溫冰箱里去。如果無法放到−80°C冰箱,那么也可以用家用冰箱,但是樣品要盡可能早的凍存,而且需要加入低溫凍存保護(hù)劑。
    RNAlaterzui初是作為一種RNA保存劑,現(xiàn)在可以用于保存DNA。RNAlater是特殊的樣品儲存液,只要在采樣后立即將新鮮樣品浸入這種液體試劑,RNlater可以迅速滲透到組織或其他生物樣本中,穩(wěn)定并保護(hù)RNA完整而不被降解,確保下游分析得到的數(shù)據(jù)真實反應(yīng)樣品的表達(dá)信息。樣品儲存液中保存的新鮮樣品可以在不超過37度的高溫天氣下保存一天,或者在25度室溫下保存一周;或者4度冰箱存放一個月;或者負(fù)20度長期保存而使RNA保持完整免受降解。這種技術(shù)為在不同溫度和不同地點下的采樣、運(yùn)輸和保存樣品提供了極大的方便,同樣適合手術(shù)/解剖過程中部分樣品的保存。
    人類微生物組計劃(Human Microbiome Project)的參與研究人員,來自哈佛大學(xué)的計算生物學(xué)家Curtis Huttenhower與他的同事們發(fā)現(xiàn)在樣品收集后,如果沒有冰箱,那么可以加入這種保護(hù)劑使用。不過一些用戶也報告了RNAlater的缺陷,雖然RNAlater不可燃,因此可以用于樣品運(yùn)輸,但是這種保護(hù)劑會降低Bacteroidetes 和 Ruminococcaceae 兩種細(xì)菌新鮮提取后的菌群數(shù)量。另外就是如果想獲得樣品高RNA產(chǎn)量,那么就必須先將其去除。RNAlater會妨礙樣品正常形成顆粒沉淀,因此在去除RNAlater之后,還必須磷酸鹽緩沖液進(jìn)行清洗。
    此外,Woods Hole海洋研究所海洋生物化學(xué)家Mak Saito也指出,RNAlater還有一個問題,那就是其高鹽含量,因此在一些實驗中會令樣品清洗成為問題。Saito曾采用這種溶液保存海洋微生物組中的蛋白組成。在室溫下,也能在超過8周的時間里穩(wěn)定地保存糞便樣品中的微生物菌落結(jié)構(gòu)。但是乙醇是可燃的,因此不能用于樣品運(yùn)輸,還有更重要的是,亮發(fā)光桿菌添加乙醇的低溫凍存保護(hù)劑會導(dǎo)致Cyanobacteria比新鮮采集時的樣品,數(shù)量增加。“所有這些儲存方法都存在偏差,因此研究過程中需要保證保存方法的一致性,”Ganz說,她的同事就建議她將貓糞便樣品保存70%的乙醇中。
    Anti-Phospho-SHIP2 (Tyr986/987)  磷酸化蛋白酪氨酸磷酸酶2抗體    規(guī)格:     0.1ml
    Anti-Phospho-SHIP2 (Tyr580)  磷酸化蛋白酪氨酸磷酸酶2抗體    規(guī)格:     0.1ml
    Anti-SIAH1  泛素連接酶Siah1抗體    規(guī)格:     0.2ml
    Anti-SIAH2  泛素連接酶Siah2    規(guī)格:     0.2ml
    Anti-SIP1  運(yùn)動神經(jīng)元存活蛋白結(jié)合蛋白1抗體    規(guī)格:     0.1ml
    Anti-SIRT1  沉默調(diào)節(jié)蛋白1抗體    規(guī)格:     0.1ml
    Anti-Phospho-SirT1 (Ser27)  磷酸化沉默調(diào)節(jié)蛋白1抗體    規(guī)格:     0.1ml
    亮發(fā)光桿菌

     

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